生物凝聚态物质的多层次结构表征

徐国华; 成凯; 王晨; 李从刚

doi:10.7536/PC200536

化学进展 ›› 2020, Vol. 32 ›› Issue (8) :1231-1239 DOI: 10.7536/PC200536

综述

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生物凝聚态物质的多层次结构表征

徐国华 ¹ ,
成凯 ¹ ,
王晨 ¹ ,
李从刚 ¹^,^**

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Multi-Hierarchical Structural Characterization of Biological Condensed Matters

Guohua Xu ¹ ,
Kai Cheng ¹ ,
Chen Wang ¹ ,
Conggang Li ¹^,^**

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摘要

在生物体内到处都是由蛋白质、核酸和多糖等生物大分子构成的各种不同生物凝聚态物质,这些生物凝聚态物质形成不同的高级结构,执行不同的生物功能。获取这些生物凝聚态物质的高分辨结构是理解生命过程的重要途径。在离体环境中,获取高分辨结构的手段主要有X-射线晶体衍射、冷冻电镜和核磁共振等,而在活细胞内原位研究生物凝聚体的结构,核磁共振和化学交联质谱具有独特优势。本文总结了利用多种分析手段对生物凝聚态物质进行多层次结构表征的研究进展:包括简单纯化体系下的蛋白质分子机器,蛋白质纤维等;液-液相分离,大分子拥挤、限域等模拟细胞复杂环境下的生物大分子以及活细胞内生物大分子。

Abstract

Biological Condensed Matters(BCM), which are composed of proteins, nucleic acids, polysaccharides and other Biological macromolecules, are ubiquitous inside the organism. These BCM form various structures to perform different function. The determination of the high-resolution structures of these BCM is importance of understanding the life process. In Vitro, X-ray crystallography, cryo-electron microscopy(cryo-EM) and nuclear magnetic resonance(NMR) are the main methods to obtain high-resolution structures, while nuclear magnetic resonance and chemical cross-linking mass spectrometry have unique advantages for in situ study of the structure of BCM in living cells. Here, we mainly summarize the research progress in the characterization of the structures of BCM: including purified molecular machines and fibrils, biomolecules under crowding, confinement, liquid-liquid phase separation and in living cells.

Contents

1 Introduction

2 The structural characterization of biomacromolecules in simple system

3 The structural characterization of biomacromolecules in liquid-liquid phase separation environment

4 The structural characterization of biomacromolecules in crowded and confined environments

5 The structural characterization of biomacromolecules in living cells

6 Conclusion and outlook

Graphical abstract

关键词

生物凝聚态物质 / 淀粉纤维 / 结构 / 液-液相分离 / 活细胞

Key words

biological condensed matter(BCM) / amyloid fiber / structure / liquid-liquid phase separation / living cells

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徐国华, 成凯, 王晨, 李从刚. 生物凝聚态物质的多层次结构表征[J]. 化学进展, 2020, 32(8): 1231-1239 DOI:10.7536/PC200536

Guohua Xu, Kai Cheng, Chen Wang, Conggang Li. Multi-Hierarchical Structural Characterization of Biological Condensed Matters[J]. Progress in Chemistry, 2020, 32(8): 1231-1239 DOI:10.7536/PC200536

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1 引言

在细胞内到处都是蛋白质、核酸、多糖等生物大分子通过自组织作用构成的各种生物凝聚态物质(Biological condensed matter, BCM)。这些生物凝聚态物质形成不同的高级结构,执行不同的生物功能。有些形成分子机器,实现细胞内外物质运输、DNA和RNA复制、肌肉收缩、ATP合成等一系列重要的生命活动。有些发生液-液相分离,形成无膜细胞器,如细胞核中的核仁、核体,细胞质中的应激颗粒、P颗粒等,在细胞的转录调节、翻译调节、DNA损伤反应和信号转导、细胞增殖和分裂等过程中发挥重要作用。有些在正常状态下参与生理作用,而在异常状态下形成淀粉样纤维,成为病理或毒理过程的关键环节。而获取这些生物凝聚态物质的高分辨结构是理解其分子作用机制及认识生命的重要途径。在结构测定中,蛋白质、核酸等生物大分子纯化样品这样一种简单体系的结构解析方法与拥挤、限域、弱相互作用普遍存在的复杂细胞环境中结构测定的方法是不全相同的(表1)。简单体系中,X-射线晶体衍射(X-ray),核磁共振(NMR),冷冻电镜技术(Cryo-EM)已经可以很好地解决问题。而在复杂细胞环境中原位研究生物凝聚体的结构,细胞内核磁共振和化学交联质谱具有独特优势。本文将综述利用这些结构测定手段表征不同层次(体系从简单到复杂)的生物凝聚态物质的结构所取得的研究成果。

2 简单体系中生物大分子结构表征

单个蛋白质,蛋白质复合物,短的核酸片段及其复合物等生物大分子的高分辨结构解析已成为常规,X-射线晶体衍射,核磁共振及冷冻电镜是常用的三种结构解析方法。

分子机器通常分子量较大,可达几百kD以上。获取这类蛋白质分子机器的手段主要是依靠X-射线晶体衍射和冷冻电镜技术。如ATP合成酶^[1]、RNA聚合酶^[2]、核糖体^[3]、分子伴侣^[4]、肌球蛋白^[5]、驱动蛋白^[6,7,8,9]和动力蛋白^[10]等这些分子机器的高分辨结构均是通过这两种手段获得的。对于具有柔性多肽链链接的多结构域组成的分子机器的结构测定,核磁共振技术则体现了其独特的优势,如完整的Hsp70的高分辨结构是利用核磁共振残余偶极耦合(Residual dipolar coupling,RDC)技术提供各个结构域间的取向信息才得以测定^[11]。

对于分子量大又不易结晶的生物凝聚态体系如染色质,冷冻电镜技术非常具有优势,研究人员利用该技术解析了30 nm染色质的三维空间高级精细结构^[12]。

在蛋白质纤维中,微管、微丝以及中间纤维等通常可以由X-射线晶体衍射表征结构,而另一种与阿尔茨海默症、帕金森等疾病相关的淀粉样纤维的结构表征则主要依赖于固体核磁共振和冷冻电镜。

自Spencer、Lansbury等研究者最早用固体核磁共振研究Aβ_34-42短肽形成的淀粉样纤维的结构以来^{[13, 14]},固体核磁共振现已可以测定淀粉样纤维的原子分辨的结构。Griffin研究组得到了每个残基7个¹³C-¹⁵N的距离以及二面角约束,解析了高分辨的TTR105-115纤维结构(图1 A),显示该纤维采取了伸展的β-折叠股构象^[15]。他们还通过500多个¹³C-¹³C、¹³C-¹⁵N距离和角度约束信息解析得到了原子分辨率的Aβ_1-42淀粉样纤维结构(图1C),结果显示纤维的核心由一个二聚的Aβ₄₂分子组成,每个分子由四个β股形成S形状的淀粉折叠组成,该结构与用冷冻电镜得到的结构不同^[16]。Meier研究组得到了1000多个分子内与分子间的距离约束信息,完成了HET-s(218-289)朊病毒淀粉纤维的高分辨结构解析(图1B),结果显示该纤维为左手β螺旋折叠结构^[17]。Rienstra研究组联合运用固体核磁共振、电镜以及X-射线纤维衍射技术得到了α-突触核蛋白(α-Synuclein)淀粉样纤维高分辨结构,结果显示α-突触核蛋白主要采取平行配对的β折叠结构^[18]。近年来,快速魔角旋转(约60~120 kHz)与氢直接检测^[19,20,21]、氮氧自由基自旋标记及金属螯合剂等共价顺磁探针的使用^[22,23,24]、动态核极化等固体NMR方法的发展^{[25, 26]}可实现小于毫克纤维样品的快速高分辨结构解析。

近年来冷冻电镜的快速发展使得解析高分辨率纤维结构成为可能^[27],越来越多的高分辨纤维结构得到了解析,包括酵母朊病毒蛋白^[17]、α-突触核蛋白^{[28, 29]}、轻链淀粉样纤维(AL fibrils)^[30]、Aβ42蛋白^[31]和tau蛋白^{[32, 33]}等。2017年MRC分子生物学实验室的科学家利用冷冻电镜解析了阿尔茨海默症病人大脑第一个高分辨率(3.4~3.5 Å)的tau纤维结构^[32],随后他们又利用冷冻电镜解析出皮克病患者中的tau蛋白细丝结构^[33]。两者的结果显示,在阿尔茨海默症病患者的tau纤维结构中含有3R(由三个微管结合重复序列的片段)和4R tau(由四个微管结合重复序列的片段)^[32],而在皮克病患者的tau纤维中含有一种与阿尔茨海默症病患者脑中tau纤维折叠不同的全新的3R tau单链折叠结构^[33]。这说明不同的纤维状tau蛋白构型会导致不同的临床表型,体外产生的纤维的结构通常与在大脑中形成的不同。

这两种方法在解析淀粉样纤维的结构方面各有优势。固体核磁共振,可以获得原子分辨率的结构,但因其需要标记故难用于生物组织内纤维样品的直接测量。冷冻电镜可以用于生物组织内纤维样品的直接测量,能够快速获得纤维的整体结构轮廓,但很难获得原子分辨率的三维结构。冷冻电镜与固体核磁共振技术的联合使用更有利于纤维结构的解析。

3 液-液相分离环境下生物大分子的结构表征

液-液相分离(Liquid-liquid phase separation,下文简称为相分离)作为一种特殊的生物分子凝聚态,描述的是特定的生物分子在一定条件下发生富集,形成与周围溶液环境不互溶、具有确切边界的“颗粒”的现象^[34],其外观类似于“油水分离”。细胞中的无膜细胞器如细胞核中的核仁、核体、细胞质中的应激颗粒(Stress granules, SGs)、P颗粒以及在激活的质膜受体下面发现的信号斑等都是发生在细胞内的相分离现象^{[35, 36]}。这些由相分离形成的无膜细胞器在细胞的转录调节、翻译调节、DNA损伤反应和信号转导、RNA代谢、核糖核蛋白组装、细胞增殖和分裂等过程中都发挥了重要的作用^{[37, 38]}。而细胞中的相分离异常往往会造成多种神经退行性疾病^[39]。基于相分离在细胞功能表达中的重要性,研究者们发展了许多方法用于表征相分离环境下生物大分子的结构和动态特征,如免疫荧光、活细胞成像、荧光漂白恢复技术(Fluorescence recovery after photo-bleaching, FRAP)、核磁共振波谱、电子显微镜以及圆二色谱法等等,这些技术的应用使得我们对液-液相分离环境下的生物大分子有了更深入和全面的认知。

荧光标记技术的应用实现了相分离凝聚体形状特征和相内生物分子动态变化的可视化。Patel等利用绿色荧光蛋白(GFP)标记FUS蛋白,通过FRAP实验和数字扫描光片荧光显微镜发现细胞内含有FUS蛋白的应激颗粒呈圆球状、两个应激颗粒可以融合成一个,且应激颗粒的荧光恢复时间很短(2 s)^[40],这表明应激颗粒呈现出类似液体(Liquid-like)特性。Dellaire等通过蛋白质的免疫荧光检测、GFP标记的活细胞成像和FRAP实验发现早幼粒细胞白血病蛋白核体(Promylocytic leukemia protein nuclear body,PML)中的SP100、Daxx在真核细胞有丝分裂过程中存在迁出和迁入核体的现象,而PML蛋白则持续存在于核体中^[41]。Hoyle等利用GFP和RFP标记对酵母细胞进行活细胞成像,发现给予葡萄糖饥饿处理时,elF4E、elF4G以及PABP-1会从核糖体组分中析出,进而被招募到P-bodies中^[42]。Louria-Hayon 等利用重组GFP-P53和FLAG-Chk2进行的活细胞成像研究发现,在压力环境如红外或紫外光照射等情况下,PML核体会招募P53和Chk2蛋白,以避免压力环境造成的DNA损伤^[43]。Grousl等以酵母菌为研究对象,通过RFP或GFP和相应蛋白的融合,利用活细胞成像观察到不同压力条件诱导形成的应激颗粒所招募的分子不同^[44]。以上的研究表明由相分离形成的无膜细胞器的组成成分在不同环境下,其种类和含量并不相同,这与蛋白质复合物或蛋白机器具有固定的化学计量比特征是显著不同的。

由液-液相分离介导形成的不同的无膜细胞器可表现出类液态或类凝胶(Gel-like)甚至是类固态(Solid-like)的特征。Le Ferrand等通过原位液体透射电子显微镜(In-situ Liquid Transmission Electron Microscopy)及圆二色谱在纳米级和毫秒级的空间和时间分辨率尺度上观察了HBP-2(Histidine-rich Beak Protein)发生液-液相分离形成liquid-like分离相的动态机制,发现一定条件下HBP-2的构象会从自由卷曲(Random coil)变成β片层结构,从而形成纳米尺寸的凝结核并迅速粗化(Coarsening),此后由于β片层间疏水作用的驱动而发生液-液相分离^[45]。Kato等通过X-ray和电子显微镜观察了RNPs(RNA-binding proteins)上的低复杂度区域发生相变形成类凝胶态(Gel-like)分离相的过程,发现凝胶物内部分子间存在弱相互作用介导的交联网状结构^[46]。Sun等借助电子显微镜观察到肌萎缩侧所硬化症疾病相关蛋白FUS发生异常相分离形成的类固体纤维状分离相内部存在复杂的网状结构^[47]。这些观察表明不同方法在表征不同物理特性的分离相时各有优势。

总之,液-液相分离凝聚态是当前的一个新兴热点研究领域,对于其相内生物大分子的高分辨结构的研究还不够深入,亟待更多研究为我们揭开液-液相分离凝聚态物质的神秘面纱。

4 拥挤和限域环境中生物大分子的结构表征

细胞内多糖、蛋白质和核酸等生物大分子物质的浓度可达300~400 g/L,这种大分子高度拥挤的细胞环境会产生“排斥体积效应”。这种效应导致被大分子占据的体积不能再被其他分子利用,使每一个大分子的实际可及空间减少^[52]。越来越多的研究表明拥挤环境对结构刚性体积紧凑的生物大分子的结构影响小,而对结构柔性的生物分子影响较大。我们研究组和Selenko研究组利用顺磁弛豫增强技术,针对固有无序蛋白α-突触核蛋白独立开展的研究均显示,拥挤试剂模拟的大分子拥挤环境使α-突触核蛋白形成体积更为紧凑的系综结构^{[53, 54]}。我们对双结构域蛋白CaM的在拥挤环境中的结构也进行了系统的研究,发现拥挤也使CaM蛋白的紧凑构象比例比稀溶液中增加,且两个结构域之间的相对运动稍微受限^[55]。Wagner研究组对多结构域的RNA解旋酶eif4a的研究也显示大分子拥挤使其四级结构体积更加紧凑^[56]。Wittung-Stafshede研究组对两个结构不同的蛋白VlsE(α-helix结构)和flavodoxin(α/β结构)进行研究,发现高浓度的拥挤试剂极大稳定了这两个蛋白的结构,使蛋白的结构含量分别提升了70%和33%^[57]。Stivers研究组研究了具有部分结构的尿嘧啶DNA糖基酶的N结构域在PEG8K模拟的拥挤环境中的结构,结果显示拥挤降低了结构系综的自由度,即结构的有序性增加^[58]。

已有许多研究表明拥挤环境也会影响核酸的结构,如富G序列形成的G-四链体结构^{[59,60,61,62,63,64,65]}。Yu等报道人长链端粒DNA((T₂AG₃)_n,n=4~20))在K⁺存在的情况下,拥挤效应引起结构由混合型转变为平行结构^[64]。Kan等报道拥挤环境使端粒G₃(T₂AG₃)₃和(T₂AG₃)₄在无盐的条件下也形成了G-四链体^[60]。截取长度不同的人端粒序列(G₃(T₂AG₃)₃T、TAG₃(T₂AG₃)₃、TAG₃(T₂AG₃)₃TT、TAG₃(T₂AG₃)₃TT)在K⁺稀溶液中形成了不同的G-四链体结构,而拥挤环境使这些构象均转变为平行G-四链体结构^[65]。这些研究中均是使用聚乙二醇(PEG)模拟拥挤环境,由于PEG会降低生物分子的水合度,使其处于缺水状态,因此造成G-四链体结构改变可能是由水合度的变化所导致,且已有证据表明,端粒G-四链体在PEG环境中的结构与细胞内的结构不同^[66],即在PEG模拟的拥挤环境得出的一些结论在细胞原位环境中可能并不成立。

限域环境在细胞中也普遍存在,比如分子伴侣、核糖体的肽链通道、易位子等分子机器,以及多种细胞器中的膜间隙等。限域环境对生物大分子结构的影响已有不少研究。Wand研究组使用NMR方法分别测量了球蛋白ubiquitin和球蛋白ferricytochrome c的高分辨三维结构,结果显示与稀溶液中并没有明显差别^{[67, 68]}。但他们发现亚稳态蛋白a3W 突变体在限域环境中能折叠成结构态^[69]。Straub研究组发现限域环境稳定了淀粉样蛋白肽段Aβ_16-22和Sup35_7-13的结构,加速了他们的聚集^[70]。我们研究组对双结构域蛋白CaM的研究也发现,钙调蛋白的结构与稀溶液中显著不同^[71]。在稀溶液中钙调蛋白主要以伸展的结构存在,而在限域环境中则形成了完全紧凑的球形结构。该结构和紧凑的钙调蛋白的晶体结构,以及与紧凑的钙调蛋白与底物形成的复合物的结构相比,非常相似,但不完全相同。这些研究表明体积紧凑结构刚性的球蛋白受限域环境的影响小,而非稳态蛋白或有柔性的多结构域蛋白或固有无序蛋白的构象更易受到限域环境的调控,生物体也有可能利用限域环境来调节一些生物大分子的功能。

5 活细胞中生物大分子的结构表征

细胞环境是大多数蛋白质行使其功能的天然环境。在细胞中,大分子拥挤、限域、弱相互作用等普遍存在,已经有越来越多的研究表明这种复杂细胞环境会影响蛋白质的结构与功能。由于细胞中拥挤、相互作用等复杂环境因素普遍存在,蛋白质的细胞内核磁共振信号严重增宽,导致在活细胞中测定蛋白质的高分辨三维结构一直是一个巨大挑战。核磁共振是当前在活细胞中测定高分辨结构的唯一方法。目前为止,仅有三个蛋白质的高分辨结构在活细胞中被解析^{[72,73,74,75]}。2009年日本Ito研究组率先在原核 E. coli 细胞中测定了首个活细胞中蛋白质-TTHA1718(66 a.a., 7 kDa)的三维结构^[72]。他们通过制备¹³C/¹⁵N富集以及侧链甲基选择性标记的蛋白样品,搜集到了大量的蛋白质NOE距离约束信息,通过结构计算程序CYANA获得了该蛋白的高分辨三维结构。结果显示在E. coli 细胞中TTHA1718蛋白的结构与已报道的稀溶液中的结构非常接近,无显著差异。2016年Theillet研究组与Su, Li等研究组几乎同时分别测定了非洲爪蟾卵母细胞中 GB1蛋白(57a.a., 7 kDa)的结构^{[73, 74]},他们都采用了赝接触位移(Pseudocontact chemical shift,PCS)联合Rosetta计算的方法来测定结构,即在蛋白上连接能螯合镧系金属离子的标签引入镧系顺磁离子以产生PCS实验约束,然后将蛋白显微注射到爪蟾卵母细胞中采集PCS数据,利用PCS提供的蛋白质角度和距离的结构约束信息来获取结构。其研究结果显示在卵母细胞中GB1 蛋白的结构与已报道的晶体结构非常接近,表明细胞环境对GB1 结构的扰动非常小。2019年日本Ito研究组测定了GB1,TTHA1718以及ubiquitin突变体Ub3A(74 a.a., 8kDa)在哺乳动物细胞sf9细胞中的高分辨三维结构(图3)^[75],这也是首次在哺乳动物细胞中测得蛋白质的高分辨结构,他们所采用的方法仍然是基于蛋白质NOE距离约束信息的方法。结果显示这三个蛋白与稀溶液中的结构非常接近。总之这些研究所测定的蛋白均是分子量小结构紧凑的球形蛋白,本身受细胞环境的调控小,因此在不同的细胞系所得到的结果均显示与稀溶液中无明显差异是非常合理的。

但是对于固有无序蛋白或多结构域蛋白,情况未必相同,固有无序蛋白或多结构域蛋白由于本身自有的柔性特点,结构可能易于受到细胞环境的调控。Selenko研究组通过利用顺磁弛豫增强和电子顺磁技术对固有无序蛋白a-synuclein的研究显示,在哺乳动物细胞如A2780细胞中该蛋白形成了比稀溶液中更加紧凑的构型,表明这种类型蛋白的结构易受到细胞环境的调控^[54]。

荧光共振能量转移(Förster resonance energy transfer, FRET),也是检测生物大分子纳米级距离和距离变化的有力工具。由于技术的限制,直到最近几年,单分子荧光共振能量转移(Single-molecule FRET, smFRET)才开始应用到活细胞内生物大分子的结构和构象变化研究中^[76]。2010年Weninger研究组首次在活的哺乳动物细胞利用smFRET观测了膜融合蛋白SNAP-25的构象变化和参与SNARE复合体组装过程。该工作利用显微注射将荧光标记的SNAP-25蛋白递送进细胞,利用smFRET的强弱变化反映SNAP-25蛋白的构象由无序(单独的SNAP-25蛋白)到形成结构(SNAP-25蛋白组装成SNARE复合体)的构象变化^[77]。2015年Schuler研究组又在HeLa细胞中利用smFRET观测了固有无序蛋白ProTα蛋白在细胞核、细胞质的构象,表明其在细胞内仍是无结构状态^[78]。最近Sako研究组又在Hela细胞中检测出RAF(Rapidly Accelerated Fibrosarcoma)蛋白呈现三种构象状态^[79]。

2012年Trantírek研究组首次将smFRET应用到了原核E. coli 细胞中DNA分子的构象检测中。他们利用热击法将Atto680-labeled和Atto740-labeled的DNA片段转入原核E. coli 细胞,利用smFRET表征了细胞内目标DNA的构型为B-DNA,而不是其他如A-DNA构型^[80]。随后Kapanidis研究组又发展了电穿孔转运荧光标签DNA片段进入E. coli 细胞并利用单分子荧光共振能量转移检测生物大分子构象的方法^[81]。这些方法的发展为活细胞内smFRET应用于生物大分子的构象研究打开了一扇大门。

化学交联质谱技术(Chemical cross-linking mass spectrometry, CXMS)也是一种分析蛋白质结构和相互作用的有效方法。它可以提供低分辨率的蛋白质复合物结构信息。利用化学交联剂处理蛋白质样品,将空间距离够接近、可以与交联剂反应的两个氨基酸以共价键连接起来,然后利用基于质谱技术的蛋白质组学手段分析交联产物,从而得出蛋白质结构和相互作用的信息^[82]。交联对的数目得到的越多,所分析的结构和相互作用信息越准确。近年来,化学交联质谱技术已经从体外分析应用到了细胞内原位蛋白质结构与相互作用的分析中。2011年Bruce研究组对原核E. coli进行了质谱交联,通过交联数据分析出了多组蛋白质复合物的结构与晶体结构报道非常一致,如蛋白质复合物Skp三聚体、Kdul二聚体复合物等等^[83],表明交联质谱完全可以用来验证或表征细胞内蛋白质复合物的结构。随后化学交联质谱技术又被应用到革兰氏阴性菌Pseudomonas aeruginosa(PA)^[84],人的HeLa细胞^[85],鼠的心脏组织^[86], 细胞器如线粒体^[87]等。在人的HeLa细胞中依赖于所得到的组蛋白的交联对距离信息,以及已有的核小体晶体结构,获得了核小体复合物在细胞内原位结构和取向信息。总之利用化学交联质谱可以获得活细胞内原位蛋白质复合物的结构信息。

6 结论与展望

本文总结了利用X-射线晶体衍射、冷冻电镜、核磁共振技术以及化学交联质谱、荧光共振能量转移技术等研究离体和活细胞内生物凝聚态物质的结构所取得的研究结果。通过这些结构研究,极大地丰富了我们对生物体内存在的形形色色的凝聚态物质的结构与分子作用机制的认识。但对于这些凝聚态物质仍有太多的未知亟待探索,冷冻电镜的发展使得未来可以测定更大的生物凝聚体的结构,核磁共振技术(尤其是In-cell NMR)以及化学交联质谱使在活细胞或亚细胞器水平的结构测定未来可期,相信我们将会对生物凝聚态有更加深入的认识。

参考文献

原文顺序 | 出版日期 | 本文引用

[1]	Srivastava A P, Luo M, Zhou W, Symersky J, Bai D, Chambers M G, Faraldo-Gomez J D, Liao M, Mueller D M. Science, 2018, 360: eaas9699.

[2]	Kireeva M L, Kashlev M, Burton Z F. Chem. Rev., 2013,113:8325.

[3]	Khatter H, Myasnikov A G, Natchiar S K, Klaholz B P. Nature, 2015,520:640.

[4]	Bascos N A D, Landry S J. Int. J. Mol. Sci., 2019,20:6195.

[5]	Rayment I, Holden H M, Whittaker M, Yohn C B, Lorenz M, Holmes K C, Milligan R A. Science, 1993,261:58.

[6]	Cao L, Wang W, Jiang Q, Wang C, Knossow M, Gigant B. Nature Commun., 2014,5:5364.

[7]	Gigant B, Wang W, Dreier B, Jiang Q, Pecqueur L, Pluckthun A, Wang C, Knossow M. Nat. Struct. Mol. Biol., 2013,20:1001.

[8]	Atherton J, Farabella I, Yu I M, Rosenfeld S S, Houdusse A, Topf M, Moores C A. ELife, 2014,3:e03680.

[9]	Shang Z, Zhou K, Xu C, Csencsits R, Cochran J C, Sindelar C V. ELife, 2014,3:e04686.

[10]	Kon T, Oyama T, Shimo-Kon R, Imamula K, Shima T, Sutoh K, Kurisu G. Nature, 2012,484:345.

[11]	Bertelsen E B, Chang L, Gestwicki J E, Zuiderweg E R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009,106:8471.

[12]	Song F, Chen P, Sun D, Wang M, Dong L, Liang D, Xu R M, Zhu P, Li G. Science, 2014,344:376.

[13]	Spencer R G, Halverson K J, Auger M, McDermott A E, Griffin R G, Lansbury Jr P T. Biochemistry, 1991,30:10382.

[14]	Lansbury Jr. P T, Costa P R, Griffiths J M, Simon E J, Auger M, Halverson K J, Kocisko D A, Hendsch Z S, Ashburn T T, Spencer R G, Tidor B, Griffin R G. . Nat. Struct. Biol., 1995,2:990.

[15]	Jaroniec C P, MacPhee C E, Bajaj V S, McMahon M T, Dobson C M, Griffin R G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004,101:711.

[16]	Colvin M T, Silvers R, Ni Q Z, Can T V, Sergeyev I, Rosay M, Donovan K J, Michael B, Wall J, Linse S, Griffin R G. J. Am. Chem. Soc., 2016,138:9663.

[17]	Wasmer C, Lange A, Van Melckebeke H, Siemer A B, Riek R, Meier B H. Science, 2008,319:1523.

[18]	Tuttle M D, Comellas G, Nieuwkoop A J, Covell D J, Berthold D A, Kloepper K D, Courtney J M, Kim J K, Barclay A M, Kendall A, Wan W, Stubbs G, Schwieters C D, Lee V M Y, George J M, Rienstra C M. Nat. Struct. Mol. Biol., 2016,23:409.

[19]	Struppe J, Quinn C M, Lu M M, Wang M Z, Hou G J, Lu X Y, Kraus J, Andreas L B, Stanek J, Lalli D, Lesage A, Pintacuda G, Maas W, Gronenborn A M, Polenova T. Solid. State. Nucl. Mag., 2017,87:117.

[20]	Linser R, Dasari M, Hiller M, Higman V, Fink U, del Amo J M L, Markovic S, Handel L, Kessler B, Schmieder P, Oesterhelt D, Oschkinat H, Reif B. Angew. Chem. Int. Edit., 2011,50:4508.

[21]	Stanek J, Andreas L B, Jaudzems K, Cala D, Lalli D, Bertarello A, Schubeis T, Akopjana I, Kotelovica S, Tars K, Pica A, Leone S, Picone D, Xu Z Q, Dixon N E, Martinez D, Berbon M, El Mammeri N, Noubhani A, Saupe S, Habenstein B, Loquet A, Pintacuda G. Angew. Chem. Int. Edit., 2016,55:15503.

[22]	Nadaud P S, Helmus J J, Hofer N, Jaroniec C P. J. Am. Chem. Soc., 2007,129:7502.

[23]	Sengupta I, Nadaud P S, Helmus J J, Schwieters C D, Jaroniec C P. Nat. Chem., 2012,4:410.

[24]	Theint T, Xia Y J, Nadaud P S, Mukhopadhyay D, Schwieters C D, Surewicz K, Surewicz W K, Jaroniec C P. J. Am. Chem. Soc., 2018,140:13161.

[25]	Bayro M J, Debelouchina G T, Eddy M T, Birkett N R, MacPhee C E, Rosay M, Maas W E, Dobson C M, Griffin R G. J. Am. Chem. Soc., 2011,133:13967.

[26]	Potapov A, Yau W M, Ghirlando R, Thurber K R, Tycko R. J. Am. Chem. Soc., 2015,137:8294.

[27]	Li X, Mooney P, Zheng S, Booth C R, Braunfeld M B, Gubbens S, Agard D A, Cheng Y. Nat. Methods, 2013,10:584.

[28]	Guerrero-Ferreira R, Taylor N M I, Mona D, Ringler P, Lauer M E, Riek R, Britschgi M, Stahlberg H. Elife, 2018,7:e36402.

[29]	Boyer D R, Li B, Sun C, Fan W, Zhou K, Hughes M P, Sawaya M R, Jiang L, Eisenberg D S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S. A., 2020,117:3592.

[30]	Radamaker L, Lin Y H, Annamalai K, Huhn S, Hegenbart U, Schonland S O, Fritz G, Schmidt M, Fandrich M. Nat. Commun., 2019,10:1103.

[31]	Gremer L, Scholzel D, Schenk C, Reinartz E, Labahn J, Ravelli R B G, Tusche M, Lopez-Iglesias C, Hoyer W, Heise H, Willbold D, Schroder G F. Science, 2017,358:116.

[32]	Fitzpatrick A W P, Falcon B, He S, Murzin A G, Murshudov G, Garringer H J, Crowther R A, Ghetti B, Goedert M, Scheres S H W. Nature, 2017,547:185.

[33]	Falcon B, Zhang W J, Murzin A G, Murshudov G, Garringer H J, Vidal R, Crowther R A, Ghetti B, Scheres S H W, Goedert M. Nature, 2018,561:137.

[34]	Brangwynne C P, Eckmann C R, Courson D S, Rybarska A, Hoege C, Gharakhani J, Julicher F, Hyman A A. Science, 2009,324:1729.

[35]	Buchan J R, Parker R. Mol. Cell, 2009,36:932.

[36]	Banani S F, Lee H O, Hyman A A, Rosen M K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2017,18:285.

[37]	Decker C J, Parker R. Cold Spring Harb. Perspect. Biol., 2012,4:a012286.

[38]	Feng Z, Zeng M, Chen X, Zhang M. Biochemistry, 2018,57:2530.

[39]	Jain A, Vale R D. Nature, 2017,546:243.

[40]	Patel A, Lee H O, Jawerth L, Maharana S, Jahnel M, Hein M Y, Stoynov S, Mahamid J, Saha S, Franzmann T M, Pozniakovski A, Poser I, Maghelli N, Royer L A, Weigert M, Myers E W, Grill S, Drechsel D, Hyman A A, Alberti S. Cell, 2015,162:1066.

[41]	Dellaire G, Eskiw C H, Dehghani H, Ching R W, Bazett-Jones D P. J. Cell Sci., 2006,119:1034.

[42]	Hoyle N P, Castelli L M, Campbell S G, Holmes L E, Ashe M P. J. Cell Biol., 2007,179:65.

[43]	Louria-Hayon I, Grossman T, Sionov R V, Alsheich O, Pandolfi P P, Haupt Y. J. Biol. Chem., 2003,278:33134.

[44]	Grousl T, Ivanov P, Frydlova I, Vasicova P, Janda F, Vojtova J, Malinska K, Malcova I, Novakova L, Janoskova D, Valasek L, Hasek J. J. Cell Sci., 2009,122:2078.

[45]	Le Ferrand H, Duchamp M, Gabryelczyk B, Cai H, Miserez A. J. Am. Chem. Soc., 2019,141:7202.

[46]	Kato M, Han T W, Xie S, Shi K, Du X, Wu L C, Mirzaei H, Goldsmith E J, Longgood J, Pei J, Grishin N V, Frantz D E, Schneider J W, Chen S, Li L, Sawaya M R, Eisenberg D, Tycko R, McKnight S L. Cell, 2012,149:753.

[47]	Sun Z, Diaz Z, Fang X, Hart M P, Chesi A, Shorter J, Gitler A D. PLoS biol., 2011,9:e1000614.

[48]	Brady J P, Farber P J, Sekhar A, Lin Y H, Huang R, Bah A, Nott T J, Chan H S, Baldwin A J, Forman-Kay J D, Kay L E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2017,114:E8194.

[49]	Ambadipudi S, Biernat J, Riedel D, Mandelkow E, Zweckstetter M. Nat. Commun., 2017,8:275.

[50]	Reichheld S E, Muiznieks L D, Keeley F W, Sharpe S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2017,114:E4408.

[51]	Ackermann B E, Debelouchina G T. Angew. Chem. Int. Edit., 2019,58:6300.

[52]	Ellis R J. Curr. Opin. Struct. Biol., 2001,11:114.

[53]	Bai J, Liu M, Pielak G J, Li C. Chemphyschem, 2017,18:55.

[54]	Theillet F X, Binolfi A, Bekei B, Martorana A, Rose H M, Stuiver M, Verzini S, Lorenz D, van Rossum M, Goldfarb D, Selenko P. Nature, 2016,530:45.

[55]	徐国华(Xu G H), 李从刚(Li C G), 刘买利(Liu M L). 化学进展(Progress in Chemistry), 2017,29(1):75.

[56]	Akabayov S R, Akabayov B, Richardson C C, Wagner G. J. Am. Chem. Soc., 2013,135:10040.

[57]	Perham M, Stagg L, Wittung-Stafshede P. FEBS Lett., 2007,581:5065.

[58]	Rodriguez G, Orris B, Majumdar A, Bhat S, Stivers J T. DNA Repair, 2020,86:102764.

[59]	Miyoshi D, Karimata H, Sugimoto N. Angew. Chem. Int. Edit., 2005,44:3740.

[60]	Kan Z Y, Yao Y A, Wang P, Li X H, Hao Y H, Tan Z. Angew. Chem. Int. Edit., 2006,45:1629.

[61]	Xue Y, Kan Z Y, Wang Q, Yao Y, Liu J, Hao Y H, Tan Z. J. Am. Chem. Soc., 2007,129:11185.

[62]	Kan Z Y, Lin Y, Wang F, Zhuang X Y, Zhao Y, Pang D W, Hao Y H, Tan Z. Nucleic Acids Res., 2007,35:3649.

[63]	Zheng K W, Chen Z, Hao Y H, Tan Z. Nucleic Acids Res., 2010,38:327.

[64]	Yu H Q, Gu X B, Nakano S, Miyoshi D, Sugimoto N. J. Am. Chem. Soc., 2012,134:20060.

[65]	Heddi B, Phan A T. J. Am. Chem. Soc., 2011,133:9824.

[66]	Hansel R, Lohr F, Trantirek L, Dotsch V. J. Am. Chem. Soc., 2013,135:2816.

[67]	Babu C R, Flynn P F, Wand A J. J. Am. Chem. Soc., 2001,123:2691.

[68]	O’Brien E S, Nucci N V, Fuglestad B, Tommos C, Wand A J. J. Biol. Chem., 2015,290:30879.

[69]	Peterson R W, Anbalagan K, Tommos C, Wand A J. J. Am. Chem. Soc., 2004,126:9498.

[70]	Martinez A V, Malolepsza E, Rivera E, Lu Q, Straub J E. J. Chem. Phys., 2014, 141: 22D530.

[71]	Xu G, Cheng K, Wu Q, Liu M, Li C. Angew. Chem. Int. Edit., 2017,56:530.

[72]	Sakakibara D, Sasaki A, Ikeya T, Hamatsu J, Hanashima T, Mishima M, Yoshimasu M, Hayashi N, Mikawa T, Walchli M, Smith B O, Shirakawa M, Guntert P, Ito Y. Nature, 2009,458:102.

[73]	Muntener T, Haussinger D, Selenko P, Theillet F X. J. Phys. Chem. Lett., 2016,7:2821.

[74]	Pan B B, Yang F, Ye Y, Wu Q, Li C, Huber T, Su X C. Chem. Comm., 2016,52:10237.

[75]	Tanaka T, Ikeya T, Kamoshida H, Suemoto Y, Mishima M, Shirakawa M, Guntert P, Ito Y. Angew. Chem. Int. Edit., 2019,58:7284.

[76]	Sustarsic M, Kapanidis A N. Curr. Opin. Struct. Biol., 2015,34:52.

[77]	Sakon J J, Weninger K R. Nat. Methods, 2010,7:203.

[78]	Konig I, Zarrine-Afsar A, Aznauryan M, Soranno A, Wunderlich B, Dingfelder F, Stuber J C, Pluckthun A, Nettels D, Schuler B. Nat. Methods, 2015,12:773.

[79]	Okamoto K, Hibino K, Sako Y. Biochim. Biophys. Acta Gen. Subj., 2020,1864:129358.

[80]	Fessl T, Adamec F, Polivka T, Foldynova-Trantirkova S, Vacha F, Trantírek L. Nucleic Acids Res., 2012,40:e121.

[81]	Crawford R, Torella J P, Aigrain L, Plochowietz A, Gryte K, Uphoff S, Kapanidis A N. Biophys. J., 2013,105:2439.

[82]	樊盛博(Fan S S), 吴妍洁(Wu Y J), 杨兵(Yang B), 迟浩(Chi H), 孟佳明(Meng J M), 卢珊(Lu S), 张昆(Zhang K), 邬龙(Wu L), 孙瑞祥(Sun S X), 董梦秋(Dong M Q), 贺思敏(He S M). 生物化学与生物物理进展(Progress in Biochemistry and Biophysics), 2014,41(11):1109.

[83]	Zheng C, Yang L, Hoopmann M R, Eng J K, Tang X, Weisbrod C R, Bruce J E. Mol. Cell. Proteomics, 2011. DOI: 10: M110.006841.

[84]	Navare A T, Chavez J D, Zheng C, Weisbrod C R, Eng J K, Siehnel R, Singh P K, Manoil C, Bruce J E. Structure, 2015,23:762.

[85]	Chavez J D, Weisbrod C R, Zheng C, Eng J K, Bruce J E. Mol. Cell. Proteomics, 2013,12:1451.

[86]	Chavez J D, Lee C F, Caudal A, Keller A, Tian R, Bruce J E. Cell Syst., 2018,6:136.

[87]	Schweppe D K, Chavez J D, Lee C F, Caudal A, Kruse S E, Stuppard R, Marcinek D J, Shadel G S, Tian R, Bruce J E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2017,114:1732.

[1]	Srivastava A P, Luo M, Zhou W, Symersky J, Bai D, Chambers M G, Faraldo-Gomez J D, Liao M, Mueller D M. Science, 2018, 360: eaas9699. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29650704
[2]	Kireeva M L, Kashlev M, Burton Z F. Chem. Rev., 2013,113:8325. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24219496
[3]	Khatter H, Myasnikov A G, Natchiar S K, Klaholz B P. Nature, 2015,520:640. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25901680
[4]	Bascos N A D, Landry S J. Int. J. Mol. Sci., 2019,20:6195.
[5]	Rayment I, Holden H M, Whittaker M, Yohn C B, Lorenz M, Holmes K C, Milligan R A. Science, 1993,261:58. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8316858
[6]	Cao L, Wang W, Jiang Q, Wang C, Knossow M, Gigant B. Nature Commun., 2014,5:5364.
[7]	Gigant B, Wang W, Dreier B, Jiang Q, Pecqueur L, Pluckthun A, Wang C, Knossow M. Nat. Struct. Mol. Biol., 2013,20:1001. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23872990
[8]	Atherton J, Farabella I, Yu I M, Rosenfeld S S, Houdusse A, Topf M, Moores C A. ELife, 2014,3:e03680. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25209998
[9]	Shang Z, Zhou K, Xu C, Csencsits R, Cochran J C, Sindelar C V. ELife, 2014,3:e04686. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25415053
[10]	Kon T, Oyama T, Shimo-Kon R, Imamula K, Shima T, Sutoh K, Kurisu G. Nature, 2012,484:345. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22398446
[11]	Bertelsen E B, Chang L, Gestwicki J E, Zuiderweg E R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2009,106:8471. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19439666
[12]	Song F, Chen P, Sun D, Wang M, Dong L, Liang D, Xu R M, Zhu P, Li G. Science, 2014,344:376. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24763583
[13]	Spencer R G, Halverson K J, Auger M, McDermott A E, Griffin R G, Lansbury Jr P T. Biochemistry, 1991,30:10382. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/1931962
[14]	Lansbury Jr. P T, Costa P R, Griffiths J M, Simon E J, Auger M, Halverson K J, Kocisko D A, Hendsch Z S, Ashburn T T, Spencer R G, Tidor B, Griffin R G. . Nat. Struct. Biol., 1995,2:990. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7583673
[15]	Jaroniec C P, MacPhee C E, Bajaj V S, McMahon M T, Dobson C M, Griffin R G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004,101:711. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/14715898
[16]	Colvin M T, Silvers R, Ni Q Z, Can T V, Sergeyev I, Rosay M, Donovan K J, Michael B, Wall J, Linse S, Griffin R G. J. Am. Chem. Soc., 2016,138:9663. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27355699
[17]	Wasmer C, Lange A, Van Melckebeke H, Siemer A B, Riek R, Meier B H. Science, 2008,319:1523. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18339938
[18]	Tuttle M D, Comellas G, Nieuwkoop A J, Covell D J, Berthold D A, Kloepper K D, Courtney J M, Kim J K, Barclay A M, Kendall A, Wan W, Stubbs G, Schwieters C D, Lee V M Y, George J M, Rienstra C M. Nat. Struct. Mol. Biol., 2016,23:409. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27018801
[19]	Struppe J, Quinn C M, Lu M M, Wang M Z, Hou G J, Lu X Y, Kraus J, Andreas L B, Stanek J, Lalli D, Lesage A, Pintacuda G, Maas W, Gronenborn A M, Polenova T. Solid. State. Nucl. Mag., 2017,87:117. https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0926204017300486
[20]	Linser R, Dasari M, Hiller M, Higman V, Fink U, del Amo J M L, Markovic S, Handel L, Kessler B, Schmieder P, Oesterhelt D, Oschkinat H, Reif B. Angew. Chem. Int. Edit., 2011,50:4508. f9bdcf2c-1c56-491a-a188-67d66a87111bhttp://dx.doi.org/10.1002/anie.201008244
[21]	Stanek J, Andreas L B, Jaudzems K, Cala D, Lalli D, Bertarello A, Schubeis T, Akopjana I, Kotelovica S, Tars K, Pica A, Leone S, Picone D, Xu Z Q, Dixon N E, Martinez D, Berbon M, El Mammeri N, Noubhani A, Saupe S, Habenstein B, Loquet A, Pintacuda G. Angew. Chem. Int. Edit., 2016,55:15503.
[22]	Nadaud P S, Helmus J J, Hofer N, Jaroniec C P. J. Am. Chem. Soc., 2007,129:7502. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17530852
[23]	Sengupta I, Nadaud P S, Helmus J J, Schwieters C D, Jaroniec C P. Nat. Chem., 2012,4:410. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22522262
[24]	Theint T, Xia Y J, Nadaud P S, Mukhopadhyay D, Schwieters C D, Surewicz K, Surewicz W K, Jaroniec C P. J. Am. Chem. Soc., 2018,140:13161. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30295029
[25]	Bayro M J, Debelouchina G T, Eddy M T, Birkett N R, MacPhee C E, Rosay M, Maas W E, Dobson C M, Griffin R G. J. Am. Chem. Soc., 2011,133:13967. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21774549
[26]	Potapov A, Yau W M, Ghirlando R, Thurber K R, Tycko R. J. Am. Chem. Soc., 2015,137:8294. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26068174
[27]	Li X, Mooney P, Zheng S, Booth C R, Braunfeld M B, Gubbens S, Agard D A, Cheng Y. Nat. Methods, 2013,10:584. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23644547
[28]	Guerrero-Ferreira R, Taylor N M I, Mona D, Ringler P, Lauer M E, Riek R, Britschgi M, Stahlberg H. Elife, 2018,7:e36402. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29969391
[29]	Boyer D R, Li B, Sun C, Fan W, Zhou K, Hughes M P, Sawaya M R, Jiang L, Eisenberg D S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S. A., 2020,117:3592.
[30]	Radamaker L, Lin Y H, Annamalai K, Huhn S, Hegenbart U, Schonland S O, Fritz G, Schmidt M, Fandrich M. Nat. Commun., 2019,10:1103. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30894526
[31]	Gremer L, Scholzel D, Schenk C, Reinartz E, Labahn J, Ravelli R B G, Tusche M, Lopez-Iglesias C, Hoyer W, Heise H, Willbold D, Schroder G F. Science, 2017,358:116. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28882996
[32]	Fitzpatrick A W P, Falcon B, He S, Murzin A G, Murshudov G, Garringer H J, Crowther R A, Ghetti B, Goedert M, Scheres S H W. Nature, 2017,547:185. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28678775
[33]	Falcon B, Zhang W J, Murzin A G, Murshudov G, Garringer H J, Vidal R, Crowther R A, Ghetti B, Scheres S H W, Goedert M. Nature, 2018,561:137. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30158706
[34]	Brangwynne C P, Eckmann C R, Courson D S, Rybarska A, Hoege C, Gharakhani J, Julicher F, Hyman A A. Science, 2009,324:1729. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19460965
[35]	Buchan J R, Parker R. Mol. Cell, 2009,36:932. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20064460
[36]	Banani S F, Lee H O, Hyman A A, Rosen M K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 2017,18:285. https://doi.org/10.1038/nrm.2017.7
[37]	Decker C J, Parker R. Cold Spring Harb. Perspect. Biol., 2012,4:a012286. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22763747
[38]	Feng Z, Zeng M, Chen X, Zhang M. Biochemistry, 2018,57:2530. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29648450
[39]	Jain A, Vale R D. Nature, 2017,546:243. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28562589
[40]	Patel A, Lee H O, Jawerth L, Maharana S, Jahnel M, Hein M Y, Stoynov S, Mahamid J, Saha S, Franzmann T M, Pozniakovski A, Poser I, Maghelli N, Royer L A, Weigert M, Myers E W, Grill S, Drechsel D, Hyman A A, Alberti S. Cell, 2015,162:1066. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26317470
[41]	Dellaire G, Eskiw C H, Dehghani H, Ching R W, Bazett-Jones D P. J. Cell Sci., 2006,119:1034. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16492707
[42]	Hoyle N P, Castelli L M, Campbell S G, Holmes L E, Ashe M P. J. Cell Biol., 2007,179:65. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17908917
[43]	Louria-Hayon I, Grossman T, Sionov R V, Alsheich O, Pandolfi P P, Haupt Y. J. Biol. Chem., 2003,278:33134. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12810724
[44]	Grousl T, Ivanov P, Frydlova I, Vasicova P, Janda F, Vojtova J, Malinska K, Malcova I, Novakova L, Janoskova D, Valasek L, Hasek J. J. Cell Sci., 2009,122:2078. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19470581
[45]	Le Ferrand H, Duchamp M, Gabryelczyk B, Cai H, Miserez A. J. Am. Chem. Soc., 2019,141:7202. https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.9b03083
[46]	Kato M, Han T W, Xie S, Shi K, Du X, Wu L C, Mirzaei H, Goldsmith E J, Longgood J, Pei J, Grishin N V, Frantz D E, Schneider J W, Chen S, Li L, Sawaya M R, Eisenberg D, Tycko R, McKnight S L. Cell, 2012,149:753. 85f036bc-19d3-458f-902c-3a9352e53be7http://dx.doi.org/10.1016/j.cell.2012.04.017
[47]	Sun Z, Diaz Z, Fang X, Hart M P, Chesi A, Shorter J, Gitler A D. PLoS biol., 2011,9:e1000614. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21541367
[48]	Brady J P, Farber P J, Sekhar A, Lin Y H, Huang R, Bah A, Nott T J, Chan H S, Baldwin A J, Forman-Kay J D, Kay L E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2017,114:E8194. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28894006
[49]	Ambadipudi S, Biernat J, Riedel D, Mandelkow E, Zweckstetter M. Nat. Commun., 2017,8:275. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28819146
[50]	Reichheld S E, Muiznieks L D, Keeley F W, Sharpe S. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2017,114:E4408. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28507126
[51]	Ackermann B E, Debelouchina G T. Angew. Chem. Int. Edit., 2019,58:6300. https://onlinelibrary.wiley.com/toc/15213773/58/19
[52]	Ellis R J. Curr. Opin. Struct. Biol., 2001,11:114. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11179900
[53]	Bai J, Liu M, Pielak G J, Li C. Chemphyschem, 2017,18:55. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27860069
[54]	Theillet F X, Binolfi A, Bekei B, Martorana A, Rose H M, Stuiver M, Verzini S, Lorenz D, van Rossum M, Goldfarb D, Selenko P. Nature, 2016,530:45. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26808899
[55]	徐国华(Xu G H), 李从刚(Li C G), 刘买利(Liu M L). 化学进展(Progress in Chemistry), 2017,29(1):75.
[56]	Akabayov S R, Akabayov B, Richardson C C, Wagner G. J. Am. Chem. Soc., 2013,135:10040. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23767688
[57]	Perham M, Stagg L, Wittung-Stafshede P. FEBS Lett., 2007,581:5065. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17919600
[58]	Rodriguez G, Orris B, Majumdar A, Bhat S, Stivers J T. DNA Repair, 2020,86:102764. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31855846
[59]	Miyoshi D, Karimata H, Sugimoto N. Angew. Chem. Int. Edit., 2005,44:3740. http://doi.wiley.com/10.1002/%28ISSN%291521-3773
[60]	Kan Z Y, Yao Y A, Wang P, Li X H, Hao Y H, Tan Z. Angew. Chem. Int. Edit., 2006,45:1629. http://doi.wiley.com/10.1002/%28ISSN%291521-3773
[61]	Xue Y, Kan Z Y, Wang Q, Yao Y, Liu J, Hao Y H, Tan Z. J. Am. Chem. Soc., 2007,129:11185. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17705383
[62]	Kan Z Y, Lin Y, Wang F, Zhuang X Y, Zhao Y, Pang D W, Hao Y H, Tan Z. Nucleic Acids Res., 2007,35:3649.
[63]	Zheng K W, Chen Z, Hao Y H, Tan Z. Nucleic Acids Res., 2010,38:327. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19858105
[64]	Yu H Q, Gu X B, Nakano S, Miyoshi D, Sugimoto N. J. Am. Chem. Soc., 2012,134:20060. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22934853
[65]	Heddi B, Phan A T. J. Am. Chem. Soc., 2011,133:9824. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21548653
[66]	Hansel R, Lohr F, Trantirek L, Dotsch V. J. Am. Chem. Soc., 2013,135:2816. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23339582
[67]	Babu C R, Flynn P F, Wand A J. J. Am. Chem. Soc., 2001,123:2691. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11456950
[68]	O’Brien E S, Nucci N V, Fuglestad B, Tommos C, Wand A J. J. Biol. Chem., 2015,290:30879. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26487716
[69]	Peterson R W, Anbalagan K, Tommos C, Wand A J. J. Am. Chem. Soc., 2004,126:9498. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15291527
[70]	Martinez A V, Malolepsza E, Rivera E, Lu Q, Straub J E. J. Chem. Phys., 2014, 141: 22D530. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25494801
[71]	Xu G, Cheng K, Wu Q, Liu M, Li C. Angew. Chem. Int. Edit., 2017,56:530.
[72]	Sakakibara D, Sasaki A, Ikeya T, Hamatsu J, Hanashima T, Mishima M, Yoshimasu M, Hayashi N, Mikawa T, Walchli M, Smith B O, Shirakawa M, Guntert P, Ito Y. Nature, 2009,458:102. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19262674
[73]	Muntener T, Haussinger D, Selenko P, Theillet F X. J. Phys. Chem. Lett., 2016,7:2821. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27379949
[74]	Pan B B, Yang F, Ye Y, Wu Q, Li C, Huber T, Su X C. Chem. Comm., 2016,52:10237. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27470136
[75]	Tanaka T, Ikeya T, Kamoshida H, Suemoto Y, Mishima M, Shirakawa M, Guntert P, Ito Y. Angew. Chem. Int. Edit., 2019,58:7284. https://onlinelibrary.wiley.com/toc/15213773/58/22
[76]	Sustarsic M, Kapanidis A N. Curr. Opin. Struct. Biol., 2015,34:52. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26295172
[77]	Sakon J J, Weninger K R. Nat. Methods, 2010,7:203. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20118931
[78]	Konig I, Zarrine-Afsar A, Aznauryan M, Soranno A, Wunderlich B, Dingfelder F, Stuber J C, Pluckthun A, Nettels D, Schuler B. Nat. Methods, 2015,12:773. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26147918
[79]	Okamoto K, Hibino K, Sako Y. Biochim. Biophys. Acta Gen. Subj., 2020,1864:129358. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31071411
[80]	Fessl T, Adamec F, Polivka T, Foldynova-Trantirkova S, Vacha F, Trantírek L. Nucleic Acids Res., 2012,40:e121. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22544706
[81]	Crawford R, Torella J P, Aigrain L, Plochowietz A, Gryte K, Uphoff S, Kapanidis A N. Biophys. J., 2013,105:2439. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24314075
[82]	樊盛博(Fan S S), 吴妍洁(Wu Y J), 杨兵(Yang B), 迟浩(Chi H), 孟佳明(Meng J M), 卢珊(Lu S), 张昆(Zhang K), 邬龙(Wu L), 孙瑞祥(Sun S X), 董梦秋(Dong M Q), 贺思敏(He S M). 生物化学与生物物理进展(Progress in Biochemistry and Biophysics), 2014,41(11):1109.
[83]	Zheng C, Yang L, Hoopmann M R, Eng J K, Tang X, Weisbrod C R, Bruce J E. Mol. Cell. Proteomics, 2011. DOI: 10: M110.006841. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32737216
[84]	Navare A T, Chavez J D, Zheng C, Weisbrod C R, Eng J K, Siehnel R, Singh P K, Manoil C, Bruce J E. Structure, 2015,23:762. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25800553
[85]	Chavez J D, Weisbrod C R, Zheng C, Eng J K, Bruce J E. Mol. Cell. Proteomics, 2013,12:1451. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23354917
[86]	Chavez J D, Lee C F, Caudal A, Keller A, Tian R, Bruce J E. Cell Syst., 2018,6:136. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29199018
[87]	Schweppe D K, Chavez J D, Lee C F, Caudal A, Kruse S E, Stuppard R, Marcinek D J, Shadel G S, Tian R, Bruce J E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2017,114:1732. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28130547