双功能小分子用于蛋白的靶向降解

黄祖熠; 谭学强; 郑积敏

doi:10.7536/PC240202

化学进展 ›› 2025, Vol. 37 ›› Issue (2) :185-194 DOI: 10.7536/PC240202

综述

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双功能小分子用于蛋白的靶向降解

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Bifunctional Small Molecules for Targeted Protein Degradation

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摘要

双功能小分子是一类可与多个目标发生相互作用的小分子，分为含连接子与无连接子两类。靶向蛋白降解是一种通过挟持细胞蛋白降解系统，即泛素-蛋白酶体系统和溶酶体系统，介导目的蛋白降解的新兴药物开发策略。相比传统的抑制剂型小分子药物，靶向蛋白降解通过直接清除目的蛋白实现蛋白功能的抑制，具有抑制时间长、可靶向不可成药蛋白等优点。双功能小分子的独特性质使其能够同时结合降解机制相关蛋白与目标蛋白，因而在靶向蛋白降解领域得到了广泛的应用。本文综述了双功能小分子在靶向蛋白降解领域应用的研究近况，介绍了基于含连接子双功能小分子的蛋白降解靶向嵌合体（PROTACs）、基于去唾液酸糖蛋白受体的小分子细胞外蛋白质降解剂（MoDE-As）和自噬靶向嵌合体（AUTACs），以及基于无连接子双功能小分子的分子胶降解剂（MGDs）和自噬小体绑定化合物（ATTECs），对其临床应用进行了总结。最后，本文讨论了两类双功能小分子用于靶向蛋白降解时所面临的挑战，并对它们的发展提出了相应的展望。

Abstract

Bifunctional small molecules are a sort of small molecules that engage multiple targets. They are subdivided into two categories: bifunctional small molecules with linkers and without linkers. Targeted protein degradation (TPD) is a currently emerging strategy hijacking cellular protein degradation systems, namely ubiquitin-proteasomal system and lysosomal system, to induce the degradation of targeted protein for drug development. Distinct from the traditional mechanism of action based on inhibition, TPD inhibits the function of targeted protein through targeted clearance, thus is advantageous in long-term inhibition and targeting undruggable proteins. With a unique mechanism of action, bifunctional small molecules are capable of binding degradation-associated protein and targeted protein simultaneously, and therefore used widely in the realm of TPD. This review summarizes the recent development of bifunctional molecules in TPD. Proteolysis targeting chimeras (PROTACs), molecular degraders of extracellular proteins through the asialoglycoprotein receptors (MoDE-As), and autophagy targeting chimeras (AUTACs) which based on bifunctional small molecules with linkers, and molecular glue degraders (MGDs) and autophagosome-tethering compounds (ATTECs) which based on bifunctional small molecules without linkers are introduced, with their clinical application highlighted. Finally, the challenges that the two categories of bifunctional small molecules respectively face in the realm of TPD as well as prospects and suggestions for their development are proposed.

Contents

1 Introduction

2 Bifunctional small molecules with linkers for TPD

2.1 PROTACs

2.2 AUTACs

2.3 MoDE-As

2.4 Challenges for bifunctional small molecules with linkers in TPD

3 Bifunctional small molecules with linkers for TPD

3.1 MGDs

3.2 ATTECs

3.3 Rational design strategy for bifunctional small molecules without linkers

4 Conclusion and outlook

Graphical abstract

关键词

小分子药物 / 双功能小分子 / 靶向蛋白降解 / 细胞蛋白降解系统

Key words

small-molecule drugs / bifunctional small molecules / targeted protein degradation / cellular protein degradation system

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黄祖熠, 谭学强, 郑积敏. 双功能小分子用于蛋白的靶向降解[J]. 化学进展, 2025, 37(2): 185-194 DOI:10.7536/PC240202

Zuyi Huang, Xueqiang Tan, Jimin Zheng. Bifunctional Small Molecules for Targeted Protein Degradation[J]. Progress in Chemistry, 2025, 37(2): 185-194 DOI:10.7536/PC240202

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1 引言

双功能分子是一类能够同时与多个目标发生相互作用的分子。这类分子广泛存在于自然界中，脚手架蛋白是其中的典型例子。脚手架蛋白可以同时与酶和酶的底物结合，通过诱导二者发生共定位，数千倍地提高酶促反应速率^[1-2]。双功能分子因其独特性成为药物设计的一个重要策略，双特异性抗体^[3]、抗体招募分子^[4]都属于双功能分子的范畴。双功能小分子是具有双功能特质的小分子化合物，根据其结构中是否含有连接子结构，可分为含连接子双功能小分子和无连接子双功能小分子两类。含连接子双功能小分子通常由两个配体通过共价连接子连接而成，其结构明显反映出其双功能特质，如图1a所示。无连接子双功能小分子的双功能特质与前者相比不明显，其双功能特质的发挥往往依赖于与其中一个作用目标共同形成的化合物-蛋白质界面，如图1b所示。

泛素-蛋白酶体系统（UPS）和溶酶体系统是真核细胞中蛋白质降解的两大系统。蛋白酶体是一个具有多种蛋白水解酶活性的巨型蛋白质复合体^[5]，泛素则是由76个氨基酸组成，分子量约为8.5 kDa的小分子蛋白。待降解蛋白可以在泛素连接酶（E3）的催化下被泛素共价修饰，从而被蛋白酶体识别并降解^[6]。溶酶体是一种具有单层膜结构，含有脂肪酶、蛋白酶、糖苷酶等60多种酸性水解酶的囊泡状细胞器^[7]。溶酶体具有内吞作用、吞噬作用和自噬作用三种运输途径^[8]，细胞外蛋白与膜蛋白通过内吞作用运往溶酶体降解，细胞内蛋白则通过自噬作用运往溶酶体降解^[9]。

靶向蛋白降解（TPD）是一项通过挟持真核细胞蛋白降解途径，实现目的蛋白的靶向降解的新兴药物开发策略。TPD药物在介导蛋白降解中通常发挥催化剂作用^[10]，无需长时间占据蛋白活性位点，因此可靶向转录因子等不可成药蛋白^[11]。另一方面，目的蛋白被靶向降解后需要重新合成，因此TPD药物能产生较传统抑制剂类药物更持久的抑制作用^[12]。双功能小分子因其与多个目标发生相互作用的特质，可以在挟持降解机制相关蛋白的同时结合目的蛋白，并具有生物口服活性与跨膜性的优势，因此成为主要的一类TPD药物。本文对主要的TPD双功能小分子，根据是否含有连接子结构进行了分类归纳，并总结了它们的发展历程、研究近况与临床应用，并对这些技术未来的发展进行展望。最后，本文讨论了两类双功能小分子用于靶向蛋白降解时所面临的挑战，并对它们的发展提出了相应的展望与建议。

2 含连接子双功能小分子用于靶向蛋白降解

2.1 蛋白降解靶向嵌合体

PROTACs是2001年由Crews和Deshaies课题组首次开发的TPD含连接子双功能小分子，由泛素连接酶E3配体、目的蛋白配体以及连接两个配体的连接子组成。PROTACs通过两个配体分别与E3和目的蛋白结合，形成E3-PROTAC-目的蛋白三元复合物，诱使目的蛋白被E3泛素化，从而通过蛋白酶体降解。

Crews和Deshaies课题组^[13]开发的第一个PROTAC是目的蛋白为甲硫氨酰肽酶2（METAP2）的PROTAC-1（图2a）。PROTAC-1以卵假散囊菌素作为METAP2，磷肽IκBα作为泛素连接酶β-TrCP配体，成功实现了METAP2的降解，证实了双功能分子用于靶向蛋白降解的可行性，为PROTACs以及其他TPD双功能分子的发展奠定了基础。2002年，多肽缺氧诱导因子-1α（HIF-1α）被证实为泛素连接酶VHL的配体^[14]。在此基础上，于2004年发展出了以HIF-1α与VHL结合部分肽链作为E3配体的VHL-PROTACs^[15]，如图2b所示，揭示了将新型泛素连接酶应用于PROTACs开发的可行性。同年，顺式咪唑啉类似物nutlins被鉴定为泛素连接酶MDM2配体^[16]。以nutlins为E3配体，再以基于聚乙二醇的连接子与选择性雄激素受体调节剂（SARM）相连接，Crews课题组^[17]于2008年开发出了靶向非甾体类雄激素受体的SARM-nutlin PROTAC（图2c），并验证了其介导雄激素受体靶向降解的能力，证实了含连接子双功能小分子用于TPD的可行性。该课题组还对基于VHL泛素连接酶配体HIF-1α的VHL-PROTACs进行了改进，开发了以HIF-1α模拟肽小分子为E3配体的小分子VHL-PROTACs^[18]。随着更多小分子E3配体的发现，cIAP^[19]（图2d）、CRL4^CRBN^[20]、DCAF15^[21]、DCAF16^[22]、RNF114^[23]、RNF4^[24]等泛素连接酶也在PROTACs中得到应用。

PROTACs靶向降解蛋白的作用可用于癌相关蛋白的清除，因此，癌症治疗是PROTACs的主要方向。目前已有多种口服活性PROTACs癌症治疗药物进入临床试验。由Arvinas公司推出的ARV-471是第一个进行临床试验的PROTACs药物，可通过靶向降解雌激素受体治疗局部晚期/转移性乳腺癌患者^[25]，目前已进入临床三期阶段。其他进入临床试验阶段的PROTACs药物包括Kymera公司开发的靶向转录调节因子STAT3治疗T细胞恶性肿瘤和实体瘤的KT-333^[26]和靶向MDM2治疗r/r高级髓系恶性肿瘤和实体瘤的KT-253^[27]；C4 Therapeutics开发的靶向BRD9治疗滑膜肉瘤的CFT8634和靶向L858R突变的EGFR治疗非小细胞肺癌的CFT8919。

除此之外，PROTACs还可应用于神经退行性疾病、免疫性疾病、心脑血管疾病等的治疗^[28]。微管相关蛋白tau的异常磷酸化是阿尔茨海默症等tau蛋白病的重要诱因，基于VHL泛素连接酶的PROTAC分子，C004019在体外实验与体内实验中均表现出了靶向清除tau蛋白的能力，有望用于tau蛋白病的治疗^[29]；PROTAC(H-PGDS)-1能够靶向造血前列腺素D合成酶，可用于过敏性疾病及假肥大型进行性肌营养不良的治疗^[30]；HMGCR-PROTAC能够靶向甲戊二羧酸途径限速酶HMGCR，限制胆固醇合成，从而治疗动脉粥样硬化性血脂异常^[31]。PROTACs的出现为这些疾病的治疗提供了靶向蛋白降解这一新选择。

2.2 自噬靶向嵌合体

AUTACs是由自噬靶向配体和目标蛋白配体通过连接子连接而成的含连接子双功能小分子，通过挟持溶酶体选择性自噬作用实现目标蛋白的靶向降解。选择性自噬根据货物的特异性识别是否藉由泛素化标记实现，可分为泛素依赖性和非泛素依赖性的选择性自噬^[32]。如图3所示，选择性自噬过程中，货物能够被选择性自噬受体p62识别，并与p62形成能够诱导吞噬泡形成的类液体生物分子凝聚物^[33]。吞噬泡可以招募微管相关蛋白轻链3（LC3），结合货物的p62则与定位于吞噬泡上的LC3发生相互作用^[34]，使得p62与货物形成的生物分子凝聚物能够被吞噬泡延伸形成的自噬小体选择性隔离。最后，自噬小体与溶酶体融合，使货物被溶酶体降解。在上述过程中，p62、LC3在自噬货物的选择中发挥重要作用，因此，AUTACs可以通过挟持这类蛋白，诱导目的蛋白的溶酶体降解。

2019年，Arimoto课题组^[35]基于病原体自噬过程，开发了以对氟苄基鸟嘌呤（FBnG）为自噬靶向配体的AUTACs。该课题组早期工作发现，在病原体自噬中，内源性的8-硝基鸟苷3'，5'-环一磷酸（8-硝基-cGMP）能够与细菌表面蛋白质的半胱氨酸残基发生S-鸟苷化反应^[36]。对A族乙型溶血性链球菌（GAS）的实验发现，该修饰能够促进细菌表面的K63多泛素化，这表明S-鸟苷化修饰可能在选择性自噬过程中，发挥招募选择性自噬标签的作用。综上所述，8-硝基-cGMP为一种内源性自噬诱导剂。在此基础上，Arimoto课题组将FBnG通过聚乙二醇连接子与目的蛋白配体相连接，开发了FBnG-AUTACs。与目的蛋白结合后，FBnG部分可以模拟内源性蛋白S-鸟苷化修饰的功能，诱导目的蛋白的溶酶体降解。该课题组设计了分别靶向细胞内蛋白MetAP2、FKBP12、BRD4的AUTAC1-3分子，验证了AUTACs的靶向蛋白降解能力，证实了通过含连接子双功能小分子诱导目的蛋白通过溶酶体靶向降解的可行性。

此外，Arimoto课题组^[37]进一步对FBnG- AUTACs的半胱氨酸亚结构与降解标签进行了构效关系研究，如图4所示。结果表明，FBnG降解标签无需进行优化，另一方面，将半胱氨酸亚结构优化为吡唑结构能显著提高FBnG-AUTACs的活性，使其能够在小于1 μmol·L^-1的浓度下展现出最高的靶向降解活性。因此，该课题组将具有吡唑亚结构的FBnG-AUTACs定义为第二代FBnG-AUTACs。

2019年，Li等^[38]通过高通量筛选方法，发现了可与LC3和突变Huntington蛋白（mHTT）发生相互作用的无连接子双功能小分子，以用于亨廷顿病（HD）疗法的开发（见3.2）。在此基础上，Pei等^[39]于2021年将这类小分子作为LC3配体，与BRD4配体JQ1通过基于聚乙二醇的连接子相连，设计了含连接子双功能小分子LC3-AUTACs，并实验验证了LC3-AUTACs的靶向降解效果。2023年，Dong等则将LC3配体ispinesib与烟酰胺磷酸核糖转移酶（NAMPT）抑制剂通过聚乙二醇连接子相连，设计了靶向NAMPT的LC3-AUTACs，并对聚乙二醇连接子长度进行了构效关系研究^[40-41]。

2022年，Kwon等^[42]开发了p62-AUTACs，通过挟持选择性自噬受体p62，实现目的蛋白的溶酶体靶向降解。在早期工作中，Kwon等发现，具有特定N端残基的蛋白可以与p62的锌指结构域结合，并使p62转变为激活构象。这一转变可以加速p62通过二硫键的寡聚，并通过p62与LC3的相互作用，促进p62与其货物向自噬小体的传递^[43]。因此，Kwon等推测，在与目的蛋白结合的同时激活p62的双功能分子可以诱导目的蛋白的溶酶体降解。基于p62全长3D结构模型中锌指结构域假定的结合口袋，Kwon等对含有54万个化合物的数据库进行了虚拟筛选，发现了两个具有与p62锌指结构域结合潜力的小分子，并通过激活后的p62可以发生寡聚的性质进行了实验证明。在此基础上，Kwon等基于3D模型与构效关系研究，进一步优化得到了YT-8-8、YOK-1304、YOK-2204和YTK-105（图5）等p62锌指结构域配体。将上述配体与目的蛋白配体通过聚乙二醇连接子连接，得到含连接子双功能小分子p62-AUTACs。Kwon等设计了分别靶向ERβ、AR、MetAP2的p62-AUTACs，验证了其靶向降解能力。

在阿尔茨海默病等神经退行性疾病中，错误折叠的tau蛋白与HTT等标志蛋白易形成抗降解的蛋白聚集体，从而在细胞中积累。针对易聚集的P301L tau突变体（tauP301L）与突变HTT（mHTT），Kwon等以能够选择性地识别在错误折叠蛋白疏水结构域的4-苯丁酸（PBA），以及能选择性地识别神经退行性疾病相关蛋白聚集体的Anle138b作为目的蛋白配体与p62配体相连接，实现了p62-AUTACs对tauP301L与mHTT的靶向清除。因此，p62-AUTACs在清除神经退行性疾病相关病理蛋白方面，具有较大的应用空间。Kwon等^[44]进一步将p62-AUTACs应用于帕金森病（PD）的疗法研究中。基于Anle138b的p62-AUTACs成功实现了PD的重要病理标志物，α-突触核蛋白的病理性聚集物的靶向降解，并在PD小鼠中验证了这一作用。

2.3 基于ASGPR的小分子细胞外蛋白质降解剂

MoDE-As是Spiegel课题组开发的，由三联N-乙酰半乳糖胺（tri-GalNAc）和目的蛋白配体通过连接子连接而成的双功能小分子^[45]，MoDE-As通过挟持受体介导的内吞作用实现蛋白质的靶向降解^[46]。如图6所示，细胞表面的特异性受体与具有相应配体的货物结合形成复合物后内化形成运输小泡，小泡随后与内体融合，形成内容物呈酸性的大囊泡^[47]。在酸性环境下，货物与受体分离，货物运往溶酶体降解，而受体被回收到细胞表面。溶酶体靶向受体蛋白（LTRs）是一类参与蛋白质内吞作用受体，它们能够识别糖蛋白上特定的糖基修饰，从而将糖蛋白运往溶酶体降解^[48]。ASGPR是一种在肝脏特异性表达的溶酶体靶向受体蛋白，能够识别带半乳糖或N-乙酰半乳糖胺（GalNAc）标记的糖蛋白。MoDE-As以tri-GalNAc作为去唾液酸糖蛋白受体（ASGPR）配体，诱导目的蛋白通过内吞作用送往溶酶体降解^[49]。如图6所示，Spiegel课题组设计了靶向α-DNP抗体的D-MoDE-A与靶向巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）的M-MoDE-A（图7），体外验证了内吞作用的发生以及目标蛋白靶向降解，并在小鼠模型中证实了D-MoDE-A与M-MoDE-A在小鼠中靶向降解相应目的蛋白的能力。

2.4 含连接子双功能小分子在TPD中所面临的挑战

含连接子双功能小分子由于其较复杂的配体-连接子-配体结构，具有较大的分子量，不利于其口服生物活性以及吸收、分配、代谢、排泄等药物动力学性质^[50]。因此，含连接子双功能小分子需要通过发展、总结理性优化原理和经验，以期改善其类药性质^[51-52]。此外，含连接子双功能小分子与降解机制相关蛋白和目的蛋白形成的三元体系，在较大的双功能小分子浓度下出现的钩子效应可能导致其活性下降^[53]，发展减弱或克服钩子效应的设计策略有助于含连接子双功能小分子TPD药物的开发^[54]。

3 无连接子双功能小分子用于靶向蛋白降解

3.1 分子胶降解剂

MGDs是一类能够同时与泛素连接酶E3和目的蛋白发生相互作用的无连接子双功能小分子，通过诱导目的蛋白的泛素化促使其通过蛋白酶体降解。免疫调节药物（IMiDs）是最早被发现且是主要的一类MGDs。2010年，在IMiDs沙利度胺致畸性的研究中，半田宏课题组发现了沙利度胺能够结合E3泛素连接酶复合物CUL4-RBX1- DDB1-CRBN（CRL4^CRBN）中发挥底物适配器作用的CRBN^[55-56]。2014年，Fischer等^[57]分别结晶了DDB1-CRBN与沙利度胺，以及沙利度胺衍生物来那度胺和泊马度胺形成的复合物，并对晶体结构进行了解析，证实了CRL4^CRBN结合IMiDs的能力。IMiDs的抗增殖和免疫调节作用则被认为与IMiDs介导的CRL4^CRBN对转录因子IKZF1和IKZF3的泛素化与降解有关^[58]。

在癌症治疗领域中，MGDs药物具有很大的应用潜力^[59]。免疫调节药物沙利度胺、来那度胺和泊马度胺已经获得美国食品药品监督管理局（FDA）批准，应用于靶向降解IKZF1/3的多发性骨髓瘤（MM）临床治疗^[60]。另一方面，在IMiDs的基础上发展的基于CRBN泛素连接酶的CRBN调节剂药物（CELMoDs）则是近年来进入临床试验的MGDs中重要的一类^[61]，如图8所示。CC-92480是首个进入临床研究的CELMoDs。在靶向IKZF1/3的MM治疗临床前研究中，CC-92480在来那度胺耐药性细胞中展现出了超越IMiDs类药物泊马度胺1000倍以上的活性^[62]，并在来那度胺耐药性小鼠移植瘤模型展现了良好的抑制肿瘤效果^[63]。目前，CC-92480已进入治疗复发或难治性MM的临床三期研究^[64]。另一靶向IKZF1/3的CELMoDs，CFT-7455因其在临床前研究中细胞水平活性远超传统的IMiDs与其他CELMoDs，被称为新一代CELMoDs。目前，CFT-7455正处于临床一/二期研究中^[65]。与此同时，靶向其他类型蛋白靶点的CELMoDs正在不断发展中，例如进入临床二期，靶向GSPT1的复发或难治性急性髓系白血病治疗药物CC-90009^[66]，以及近期开发的靶向WIZ的镰状细胞贫血治疗药物dWIZ-1和dWIZ-2^[67]，拓宽了MGDs药物的应用范围。

3.2 自噬体偶联化合物

HD是mHTT在细胞中的堆积聚集导致的一种目前无法治愈的神经退行性疾病^[68]。Li等^[38]基于选择性介导LC3与mHTT相互作用的化合物可能诱导mHTT靶向降解这一猜想，从3375个化合物中通过高通量筛选方法，如图9所示，发现了候选化合物10O5、8F20、AN1和AN2，并验证了其靶向降解mHTT的能力。这些化合物可以同时与LC3和mHTT发生相互作用，并且不具有连接子结构，属于无连接子双功能小分子的范畴。Li等^[69]将上述化合物定义为自噬体偶联化合物（ATTECs），即通过诱导致病蛋白与LC3共定位，促使其通过溶酶体降解的无连接子双功能小分子。Li等猜测ATTECs结合mHTT的能力与其异常延伸的多聚谷氨酰胺束（polyQ）相关，因此测试了ATTECs对同样含有polyQ的共济失调蛋白3，以及外源性表达的含不同长度polyQ的绿色荧光蛋白的靶向降解能力，结果表明ATTECs能够识别延伸的polyQ，因此对亨廷顿病、脊髓小脑性共济失调等polyQ相关疾病的治疗具有潜在应用价值。

3.3 无连接子双功能小分子的理性设计策略

由于缺少含连接子双功能小分子配体-连接子-配体的明确结构特征，无连接子双功能小分子在理性设计上面临挑战。目前，新型TPD无连接子的开发主要采取高通量筛选后进行机制验证的策略，限制了其发现的效率。针对这一问题，Nomura课题组^[70]提出了通过共价手柄将蛋白质靶向配体转化为共价MGDs的策略。如图10a所示，该课题组在CDK4/6抑制剂Ribociclib的出口载体部分连接不同的化学手柄。对得到的Ribociclib类似物降低CDK4活性的能力进行检测，发现连接对三氟甲基苯基肉桂酰胺的类似物EST1027能够显著降低CDK4水平，而具有类似结构的对三氟甲基苯基丙酰胺的类似物EST1036不具有靶向降解活性，因此，认为EST1027的活性与肉桂酰胺部分与半胱氨酸硫酸盐阴离子的1,4-加成相关。该课题组进一步研究了EST1027所连接手柄的构效关系，优化得到基于富马酸的最小共价化学手柄，并验证了泛素连接酶RNF126为该手柄最初的目标蛋白。将最小共价化学手柄移植到BRD4、AR、BTK等不同蛋白的靶向配体的出口载体部分（图10b）则成功实现了对应蛋白的靶向降解。此外，该课题组还成功将这一策略运用到泛素连接酶DCAF16上，证明了该策略的可迁移性^[71]。

4 结论与展望

近年来，双功能分子得到了迅速发展，尤其是TPD双功能小分子。通常的小分子药物通过占据目的蛋白活性位点发挥抑制剂功能，而TPD双功能小分子通过挟持泛素-蛋白酶体系统和溶酶体系统诱导目的蛋白的靶向降解，从而实现了更长时间的抑制效果，并具有更广的靶标谱。TPD双功能小分子一方面可用于癌症的治疗，靶向清除BRD4、CDK6等癌相关蛋白，另一方面可用于阿尔茨海默症等以蛋白异常累积为标志的神经退行性疾病的治疗，清除异常蛋白单体或其寡聚物和聚集体，在临床应用上具有重要价值。

在今后的发展中，TPD双功能小分子还存在一些问题需要改进与解决：（1）利用双功能小分子靶向降解目的蛋白的策略虽然能够延长抑制时间，达到更好的治疗效果，但在发生脱靶效应时也会造成更大的毒性。因此，通过利用泛素连接酶E3、选择性自噬受体、溶酶体靶向受体等降解机制相关蛋白表达的组织特异性或将双功能小分子制备为前体药物，开发具有组织特异性或可控性机制的TPD双功能小分子，对其作为药物的临床运用具有重要意义。（2）TPD含连接子双功能小分子的结构特点使其具有较大的分子量，对其成药性为不利因素。对连接子理性设计策略的研究将有助于通过优化连接子长度降低其分子量。在目的蛋白配体选择方面，可以在综合考虑对降解活性影响的前提下，选择中等结合活性，但分子量较小的配体。（3）TPD无连接子双功能小分子的开发主要采取高通量筛选后进行机制验证的策略，理性设计原理缺少，限制了其作为药物的开发与运用。目前虽然出现了基于共价化学手柄的MGDs理性设计策略，但通过这一策略设计的MGDs的效力、选择性仍有待提高，且因其一端配体具有共价性，存在不同程度地产生细胞毒性的问题。结合人工神经网络与机器学习方法对蛋白质结构进行分析，并在其基础上对小分子文库进行虚拟筛选或进行TPD无连接子双功能小分子的设计，或将提高其开发的效率。

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